日本驻俄罗斯联邦大使馆是日本国在俄罗斯设立的外交代表机构，负责处理双边外交事务。现任大使武藤显 。
2019年7月2日，俄罗斯外交部向该使馆递交外交照会，抗议日方在G20峰会材料中将南千岛群岛标注为日本领土 。日本驻俄使馆确认收到照会但表示难以接受，重申日方对争议领土的立场 。该事件是俄日领土争议在国际多边场合的具体表现。俄罗斯警告日本不要在远东边境地区部署美国的导弹系统，日本驻俄大使馆称相关部署只是临时性的 。10月，日本外相茂木敏充与俄罗斯外长拉夫罗夫举行会谈，要求立即释放此前在俄罗斯被扣留的《北海道新闻》记者；日本驻俄大使馆人员已于26日对其进行了领事探视 。
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