指挥舰是用于海上作战指挥的舰艇，指挥员日常工作的舱室在两栖作战时称为两栖登陆部队指挥舱。其类型包括舰队指挥舰、两栖指挥舰等，美国“蓝岭”号是专用舰队指挥舰代表，满载排水量18372吨，舰长194米，配备“旗舰指挥中心”系统，可与舰队指挥中心构成“海军指挥控制系统” 。中国“昆仑山”舰作为综合登陆舰，配有大型指挥舱室及通信、情报设施，可满足联合登陆作战需求 。新一代大型两栖攻击舰普遍搭载指挥、侦察设备，也能承担指挥舰职能 。
“蓝岭”号设计围绕海上指挥需求，甲板设直升机起降区，信息处理能力达每秒3000词，作战中负责承转指令和协调部队 。该舰经维修更新后延长服役期20年以上 。中国海警35003舰通过改造会议室形成信息化综合指挥系统，配备高清显示、触控终端等设备，实现舰艇状态数字化显示及音视频资源集中管理 。部分两栖攻击舰在与航母编队混合部署时可兼具指挥舰功能 。
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