甘南藏族自治州农业科学研究所成立于1976年3月，现隶属于甘南州农业农村局，为副县级财政全额拨款事业单位。内设办公室、科研管理室、育种栽培室、综合研究室四个科室。核定事业编制39名 。主要从事青稞、油菜新品种选育，藏药材野生驯化栽培，野生食用菌菌种分离培养及栽培等高原特色农业科学研究与技术推广工作 。
该所长期致力于青稞新品种选育，先后选育出甘青系列青稞新品种，其中甘青11号于2022年通过农业农村部品种登记 。2023年，主持完成的青稞新品种选育及应用项目荣获甘肃省农牧渔业丰收二等奖 。2023年5月，荣获第27届甘肃青年五四奖章（集体） 。5月，与甘肃民族师范学院签约共建“甘肃省甘南高原生物多样性保护重点实验室” 。
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