玉树市人民政府是玉树市人民代表大会的执行机关和玉树市的国家行政机关，实行市长负责制，每届任期五年，对玉树市人民代表大会和玉树藏族自治州人民政府负责并报告工作，在玉树市人民代表大会闭幕期间，对玉树市人民代表大会常务委员会负责并报告工作。 2013年7月3日，经国务院批准，撤销玉树县，设立县级玉树市；同年11月1日，玉树市人民政府正式挂牌成立。 现任市长为扎西旺加，市人民政府驻结古镇结古大道199号。 根据规划，玉树市辖4个街道、2个镇、5个乡。
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