长江水资源保护科学研究所（简称长江水保所）是水利部长江水利委员会下属副局级事业单位，是长江委在流域水资源保护、水环境治理与水生态修复领域的主要技术支撑单位，也是中国第一个专门从事流域水资源保护的科研机构。
长江水资源保护科学研究所主要承担水资源、水环境与水生态保护相关理论研究、应用研究，以及流域保护规划、规划环评与建设项目环评、水资源论证与入河排污口设置论证等工作。
根据2025年12月水保所官网数据，长江水资源保护科学研究所有专家22人，下设4个业务部门。
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