东莞松山湖高新技术产业开发区管理委员会是东莞市委、市政府的派出机构，为副厅级单位，与松山湖党工委合署办公，现管理东莞松山湖高新技术产业开发区及东莞生态产业园两个省级以上工业园区 。其主要职责是贯彻执行党和国家的路线方针政策，研究制定并组织实施开发区的发展战略与规划，统筹开发区的经济发展、城市规划建设、产业布局、招商引资、科技创新及社会公共事务管理等各项工作 。
2019年7月23日，松山湖高新区管理机构改革完成，新组建了党政办公室、组织群团局、产业发展局、科技教育局、自然资源局、城市建设局、宣传与社会工作局、中子科学城管理局等8个副处级部门，强化了管委会对松山湖功能区经济发展和城市建设的统筹职能 。管委会负责编制并公示开发区国土空间总体规划及相关优化方案，根据《东莞松山湖国土空间总体规划(2021-2035年)》，规划范围为东莞松山湖高新技术产业开发区全域，总规划面积89.78平方公里，其中松山湖园区面积58.03平方公里，生态园面积31.75平方公里，并负责市政工程文明施工管理 。
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