多重交换（英文：multiple crossing-over）是遗传学领域术语，指二对基因之间发生二次以上交换的现象，属于染色体交叉重组研究范畴。该现象在经典遗传学理论中用于描述超出单次交换的基因重组模式，其识别对解析连锁基因重组频率具有重要作用 。
人类Xp/Yp伪自体区域（PAR）因物理距离小但遗传重组活跃，成为研究多重交换的理想模型。研究证实该区域在男性减数分裂中可发生双重交叉事件，虽发生频率较低但明确存在，直接挑战了单一重组事件的固有认知。两个交叉事件可在极近物理距离内发生，这一发现对空间位阻理论形成实质质疑，同时支持重新评估交叉干扰机制的必要性。此类发现对于哺乳动物基因组交叉干扰机制研究及连锁图谱绘制准确性具有应用价值 。
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