微生态治疗是通过补充或调节人体微生物群来改善疾病状态的治疗方法，其核心在于重建或恢复健康的肠道微生态系统。该疗法联合利用粪菌移植、益生菌、益生元及营养支持治疗等技术 。
其应用理念源远流长，最早可追溯至东晋葛洪记载的“黄龙汤” 。现代医学应用始于1958年使用粪便灌肠治疗伪膜性结肠炎。2013年，《新英格兰医学杂志》发表的研究证实粪菌移植对复发性艰难梭菌感染高效，推动了该技术被写入美国治疗指南 。中国发布了《肠道菌群移植临床应用管理中国专家共识》并推进技术规范化，2026年又发布了《儿童肠菌移植临床应用管理专家共识（2026）》 。中国科学家如张发明教授在FMT技术创新和标准化推广方面做出贡献 。其治疗范围已拓展至消化系统、神经系统、免疫系统及代谢性疾病等多种领域 。微生态药物主要分为活体生物药、大分子药、微生态小分子制剂及噬菌体等类别，2023年FDA批准了首个粪便微生物群产品Rebyota用于预防艰难梭菌感染复发 。
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