蛋白质组学分析是系统研究生物体、组织或细胞在特定条件下表达的全部蛋白质（即蛋白质组）的学科，具有动态性强和复杂性高的特点 。其核心在于利用质谱技术，对蛋白质进行大规模鉴定、定量及修饰分析。
该领域主要采用“自下而上”、“自上而下”及“自中而下”等分析策略 ，并借助稳定同位素标记及无标记定量等技术实现精准定量 。蛋白质组学分析广泛应用于揭示生命活动机制、发现疾病生物标志物与药物靶点，是生命科学与精准医学、考古学及工业生物技术等领域研究的关键技术 。在疾病机制研究方面，例如在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）肝纤维化机制研究中得到应用 。
当前蛋白质组学正朝着高空间分辨率、单细胞精度及与化学工具深度融合的方向发展 ，并出现了如原位膨胀成像蛋白质组学技术iPEX、空间可视化蛋白质组学技术SVPro等新型空间蛋白质组学技术 。
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