昆明医科大学研究生院是昆明医科大学负责全校研究生教育管理的机构。该院是学校具体负责学科建设及学位与研究生教育管理的职能部门，下设综合管理科、招生科、培养与质量评估科、学位与学科建设科、研究生思想政治教育科、研究生奖助就业科及团委共6个科室 。
学校学科建设取得进展，于2025年5月14日进入ESI全球排名前1%学科 。2025年以来，研究生院组织了研究生国家奖学金、学业奖学金等多项评审工作，并开展了研究生思想政治教育及安全稳定专题工作会议 。在党建工作方面，研究生处（院）党委于2025年召开了党员大会并接受了学校党委的巡察 。在招生培养方面，研究生院负责硕博连读招生以及同等学力人员申请硕士学位等相关工作 。
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