第三方应用商店指除手机自带官方应用商店外的应用分发平台 。2026年5月，为履行与巴西竞争监管机构CADE的和解协议，苹果在iOS 26.5中为巴西用户预留了第三方应用商店入口 。
在安卓生态中，此类商店出现较早，如豌豆荚、应用宝等 ；而在iOS系统上，其合法运行主要受欧盟《数字市场法案》(DMA)及日本《移动软件竞争法》(MSCA)等法规推动，苹果公司因此在相关地区开放了侧载功能 。2024年，AltStore PAL成为欧盟DMA生效后首批上线的iOS第三方应用商店之一 。随后，Epic Games Store、Aptoide（iOS版名为AppArena）等也相继进入欧盟及日本市场 。部分商店因商业模式无法适配苹果条款而关闭，如Setapp Mobile于2026年2月停止服务 。用户安装第三方商店应用时，常面临复杂的操作流程及安全风险提示 。在中国市场，第三方应用商店曾占主导，但后来手机厂商自带商店的使用率显著上升 。苹果通过复杂的商业条款和审核机制仍对第三方商店生态保持强控制力 。2026年6月，48位中国开发者向国家市场监督管理总局举报，指出苹果未在中国市场开放第三方应用商店等渠道，其“全球最低费率承诺”已被打破 。
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